Bijwerkingen van groeihormoon zijn zeer beperkt. Immers, er wordt alleen de ontbrekende hoeveelheid groeihormoon aangevuld die het lichaam normaal zelf niet zou maken. Voorwaarde is uiteraard wel dat de juiste hoeveelheid- die afhankelijk is van leeftijd en grootte- wordt toegediend, zodat de normale situatie zo veel mogelijk wordt benaderd. Met de start van de behandeling verandert lichamelijke toestand en is er een zekere aanpassing nodig is. Bij kinderen wordt dat vooral goed zichtbaar bij de inhaalgroei. Door de versnelde groei kan onder invloed van groeihormoon pijn in spieren en/of gewrichten optreden.
Ook komen hoofdpijn, misselijkheid en een branderig, prikkelend of tintelend gevoeld in de handen en voeten voor. Hoofdpijn kan een teken zijn van verhoogde hersendruk, doordat het lichaam meer vocht vasthoudt. Wanneer dit gepaard gaat met minder goed zien, sufheid en misselijkheid met braken, moet de behandeling in overleg met de behandelend arts enkele weken worden gestaakt.
Andere bijwerkingen die kunnen voorkomen: lokale huidreacties op de injectieplaats, onvoldoende werking van de schildklier (hypothyreoïdie), vorming van antistoffen,afglijden van de heupkop-epifyse. De meeste bijwerkingen treden op in de eerste maanden van de behandeling en verdwijnen na verloop van tijd doordat het lichaam aan het groeihormoon gewend raakt. Meestal treden de bijwerkingen op als de dosis van het groeihormoon (te) hoog is. Wanneer de bijwerkingen serieus zijn of aanhouden, is het raadzaam contact op te nemen met de kinderarts.